Z Ústav nových technologií a aplikované informatiky
Výpočetní cluster Hydra
Hydra je výpočetní cluster fakulty Mechatroniky, Technické univerzity v Liberci
Obsah |
Důležité informace
24.8.2010 Reinstalace je dokončena, vše je otestováno a funkční. Reinstalaci využijeme také k pročištění diskového prostoru a uživatelských účtů. Proto pokud se nyní nemůžete na Hydru přihlásit, je to tím, že k vašemu účtu je nové heslo. Pro něj se prosím zastavte u mě v kanceláři. Díky za spolupráci - Jiří Vraný.
28.5.2010 Technické problémy, které se během posledních měsíců na Hydře objevily, budou vyžadovat reinstalaci operačního systému. Z tohoto důvodu prosíme všechny uživatele o důkladnou zálohu všech projektů, které máte na Hydře uložené. K reinstalaci dojde na počátku zkouškového období. Z tohoto důvodu také nedoporučujeme startovat rozsáhlejší výpočty.
základní technické informace
- DNS name - hydra.kai.tul.cz
- Frontend - Dell PoweEdge 1950
- Výpočetní uzly
- 11 uzlů Dell PowerEdge 1950
- 17 uzlů Sun Fire V20z (1U)
- Celková výpočetní kapacita clusteru je 78 jader (46 CPU)
- Rocks Clusters 5.3 - Rolled Tacos
- Linux CentOS 5.4
- propojovací síť Gigabit Ethernet 1000BASE-T
- další technicé informace o Hydře
Jak se připojit
K Hydře (hydra.kai.tul.cz) je možné se přihlásit pouze pomocí SSH.
Z MS Windows použijte klienta PuTTY (případně WinSCP pro nahrávání souborů na cluster).
Pokud nechce při každém přihlášení zadávat svoje heslo, použijte připojení pomocí veřejného klíče, viz. návod na www.howtoforge.com.
Při prvním přihlášení se automaticky vytváří dvojice klíčů, která umožňuje přístup z frontendu (řídící uzel clusteru) na nody (podřízené počítače pro výpočty). Veřejný klíč je automaticky uložen do ~/.ssh/authorized_keys. Heslovou frázi pro klíč je nejvhodnější nechat prázdnou.
Přihlásit se lze i na jednotlivé uzly cluster, ale veškerá práce by měla být prováděna na frontendu a úkolování jednotlivých výpočetních uzlů by měl mít na starosti pouze dávkový systém SGE.
Spouštění úloh - Grid Engine
Pro zajištění optimálního vytěžování clusteru využíváme SGE a všechny úlohy se spouštějí přes frontu úloh. I když je to technicky možné, nepouštějte prosím vaše úlohy jinak než pomocí SGE.
- základní manuál k SGE (anglicky)
- další informace man qsub, man qstat
- příklad použití SGE na Hydře
Správci clusteru Hydra
Dostupný software
Zde naleznete seznam SW dostupného na Hydře. Ve většině případů jde o vývojářské nástroje, potřebné pro vývoj vašich vlastních paralelních programů.
- mpich
- mpich2
- openmpi - včetně kompilátorů
- PETSc - sada knihoven pro vědecké aplikace
- CentFoam - distribuce OpenFoam doplněná o gmsh, paraview a další.





